Vandløb er levested for en lang række planter og dyr og fungerer som vigtige spredningskorridorer i landskabet. Vandløbene spænder fra små sommerudtørrede markgrøfter til over ti meter brede åer med udløb i Vadehavet. Alle vandløb er omfattet af vandløbsloven, mens kun udpegede vandløb er omfattet af naturbeskyttelsesloven.
Vandløbene udgør kernen i ådalene, som er vigtige spredningskorridorer for dyr og planter gennem landskabet. Blandt andet odderen spredes gennem disse korridorer af vådområder. Et varieret planteliv er grundlaget for en høj naturkvalitet i vandløbene.
Vandløb, som ikke grødeskæres, har ofte en rig forekomst af plantearter. Mange vandløbsinsekter lever på vandplanter, og derfor er vandløb med naturlig plantevækst også levested for et rigt insektliv.
Insekterne udgør føde for flere fiskearter. Laksefisken Snæbel, som på verdensplan kun findes i nogle få vandløb, yngler i Sneum og Ribe Åer. I Varde Å findes en bestand af den oprindelige vestjyske laksestamme, som ellers en overgang blev regnet for uddød.